内设机构
交通运输局设11个内设机构：
一、办公室（应急管理办公室）。负责文电、会议组织、机要保密、档案、综合性报告、文件起草和政务信息、信访、政务公开、综合协调、督促检查、绩效考评、群众投诉等机关政务、事务工作。承担交通宣传、新闻发布、综合治理、计划生育、行业精神文明建设等工作；组织拟订交通运输信息化政策并监督实施；组织拟订公路、水路、城市公共交通应急预案并监督实施；指导有关应急处置体系建设；依法组织协调或参与有关应急处置工作；承担有关应急信息统计、分析等工作；指导公路、水运工程抢险救灾工作；协调全市交通运输防汛、防疫、防震、消防等工作。
二、政策法规科。承担交通运输行业地方性法规、规章的规划和起草工作；承担机关有关规范性文件合法性审核和重要决策法律咨询工作；承办相关行政复议、行政应诉等法律事务；组织开展政策研究；负责监督指导交通运输行业行政执法工作；负责法制宣传教育；依法负责交通运输行业执法人员交通行政执法证件和地方行政执法证件的管理工作；联系交通运输行业学会、协会，承办局业务主管社会团体相关事务。
三、综合规划科。组织编制综合运输体系规划；承担综合运输体系规划与发展的协调工作；组织拟订公路、水路及城市公共交通等行业发展战略和规划，参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；承担有关规划和建设项目的前期工作、行业审核和后期评价工作；提出国家、自治区及市政府财政性专项资金投资政策和资金安排建议，并监督实施；负责组织编制港口规划，依法承担港口岸线使用审核和上报工作。拟订行业利用外资政策和管理办法；承担有关环境保护、招商引资、行业统计、预测、信息引导工作。
四、财务科。承担公路、水路、城市公共交通运输行业有关投融资政策拟订工作；承担公路、水路、城市公共交通运输行业财务、会计、局管专项资金、非税收入、收费管理制度拟订工作并监督实施。提出有关财税、非税收入、价格等政策建议；承担部门预算的组织编报、执行和管理工作；承担所辖收费公路的行业管理工作；承担机关财务、资产管理及所属单位国有资产和相关资产的监督管理工作；参与拟订行业有关运价及收费标准并实施监督检查；承担公路、水路、城市公共交通基础设施建设资金筹集管理工作；根据授权，对国家出资企业和国有权益履行出资人监管职责；组织实施对政府投资的交通建设项目以及交通专项资金使用、管理情况的审计或审计调查；承担所属单位科级领导干部的经济责任审计；负责外部审计的协调配合及审计结果的应用工作。
五、综合运输管理科。参与拟订道路、水路运输相关政策、制度和标准并监督实施；承担道路、水路运输行业监督管理工作；承担道路、水路运输和港口经营以及道路、水路运输相关业务等的管理工作；承担汽车租赁指导工作；指导水路运输、港口和港口设施保安管理工作；组织协调重点物资、紧急客货道路、水路运输工作；按规定承担物流市场运输管理有关工作。
六、行政审批办公室。依据国家、自治 区和南宁市有关法律法规及规章等相关规定和要求，负责交通运输行业行政审批事项的受理、审核、审批和办结工作；负责牵头组织行政审批的现场踏勘工作；负责行政审批决定送达、行政许可证件的发放管理工作；负责对本行业公共资源交易活动合法性审查、备案和监管工作；负责制定和完善本部门行政审批项目、公共资源交易管理的工作制度、工作程序。
七、公共交通管理科。承担公共交通运输体系建设与发展的协调工作；参与拟订公共交通管理相关政策、制度和标准并监督实施；承担公共汽车、城市轨道交通、出租汽车等公共交通运输市场的监督与管理；参与或配合公共交通运价的调整。
八、建设管理科。承担综合运输体系建设的协调工作；承担全市公路、水运基础设施建设相关政策、地方标准、规范和管理规定拟订工作并监督实施；承担公路、水运工程建设市场监督管理工作；建立健全公路、水运建设资格准入机制及市场信用管理体系建设；承担公路、水运工程造价管理工作；承担公路、水运建设工程招标投标活动监督管理责任；承担公路、水运建设项目从初步设计到竣工验收的监督管理工作；依法审批、审查公路、水运建设项目设计文件、开工许可；承担公路、水运建设工程质量监督管理工作；组织审查公路、水运工程重大技术方案，工程竣工验收工作；指导公路养护、港口维护工作。
九、安全监督与科教科。拟订并监督实施公路、水路安全生产政策、法规；指导有关安全生产体系建设；承担公路、水路基础设施建设和有关交通运输行业安全生产监督管理工作；依法组织协调或参与有关事故调查处理工作；承担安全生产信息统计、分析等工作；组织拟订交通运输行业科技政策并监督实施；组织协调交通运输重大科技项目研究，以及新科技成果转化和推广应用工作；承担交通运输行业有关标准、质量和计量工作；参与拟订行业节能减排发展战略并指导实施；指导交通运输行业职业教育和职工培训工作；负责开展交通运输技术交流与合作。
十、轨道交通运营管理科。负责全市轨道交通运营的行业监督管理；组织轨道交通运营相关技术课题研究及推广应用；组织拟定城市轨道交通运营相关政策、制度、标准和规范并监督实施；参与城市轨道交通票价拟定与调整工作；负责城市轨道交通运营行业突发事件应急管理工作；组织协调城市轨道交通运营行业保障工作。
十一、人事科。负责局机关和所属单位的人事、劳动工资、机构编制管理等工作；拟订干部培训和人才队伍建设规划并组织实施；指导公路、水路、城市公共交通行业有关体制改革工作。负责机关离退休人员管理及服务工作。负责机关和所属单位党群工作。机关党组织 负责机关及所属单位的党群工作，具体工作由人事科承担。纪检监察室 负责机关及所属单位纪检监察工作。